亚当问上帝,为什么世间万物独有我如此孤独?于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。
公元1997年2月23日,生物进化史上第一只体细胞无性克隆哺乳动物多莉羊诞生。
人类对自己手中拥有了神的力量感到害怕,但也有人喊出了踢翻上帝宝座的誓言:
God's in his heaven,all rights with the world!——Seele座右铭
公元2004年,三岁的碇真嗣被带到位于箱根的人工进化研究所(GEHIRUN的对外名称)地下第二实验场,亲眼目睹了自己的母亲在初号机中化为次量子状态(同步率百分之四百)。不久之后,碇源渡将小真嗣托付给了住在远方的一位老师,父亲绝情离去的背影成为了真嗣心中的恶梦,在长大后仍不断跃出脑海......
但他并不知道父亲与其背后的Seele正在从事的浩大工作。第二次冲击后,位于日本相模湾边的箱根地区下的巨大球形空间内,成百万吨的沙土被移走,地表中装置了二十二层装甲防护,可谓是固若金汤,人类进化研究所就以此为基地,Lilith则被钉在了更深地层下的****教条区中。作为人类补完计划的补助,平行实行了E计划,从南极运来的已经失去S^2机关的第二使徒被装上了拘束装甲,成为人类未来补完的重要工具——EVA初号机,并且对其进行仿制得到了一部没有灵魂的EVA零号机。然而没有灵魂同步的EVA便无法使用,唯一的办法是提取Lilith的灵魂物质制造了一个拥有使徒能力的克隆人,并使其听命于人类。
与此同时,人类补完计划与E计划的主要实施者之一的碇唯却在暗中计划反叛seele,她试图挽救人类渡过未来的第三次冲击,于是利用初号机融合实验的机会,主动使自己的灵魂完全融合进了这部补完计划的重要工具中。源渡对碇唯此举深感震惊,但他很快开始因势利导实行自己的一套补完方案,将零号机克隆人的Lilith灵魂物质中掺入碇唯的粒子体,甚至使其相貌也模 马 唯,这一制造过程是通过Dummy System实现的,通过这个系统可以由一个主体克隆出无数个分身,分享同一个灵魂。于是,The First Children——零号机专属驾驶员——凌波丽诞生了。绝对服从源渡的她,将刚刚制造完成MAGI超级电脑的赤木博士一顿臭骂后陨命,而被利用完毕的赤木博士也随之****身亡。另外一个被利用的人是EVA二号机的研制员,她的灵魂被二号机强行剥夺了一部分导致其精神****,其女明日香则被选为The Second Children——建造中的二号机专属驾驶员。对源渡来说二号机难以控制,甚至可能是Seele安放在他身边的制衡力量,因此他试图将最重要的初号机交给自己的儿子以便控制。但将真嗣选为The Third Children却必然招至Seele反对,因此源渡不得不耐心等待机会。
公元2015年6月14日下午12时30分,第三使徒出现,向人类的要塞都市——第三新东京市袭来,关东滨海区全戒严,战略自卫队机甲部队及N2雷(即No Nuclear无核武器,但威力不亚于核****)攻击均宣告无效。源渡的机会终于到了,真嗣正在前来NERV的路上...........